acredito que ter uma cópia portátil pode ser a solução, no fork do photogimp do diolinux lembro-me de ver um tutorial sobre como instalar a configuração personalizada no binário portátil, você pode usar a mesma metodologia para adaptar seu setup para as pixels art
não tenho o link por agora, mas lembre-me amanhã que se você não encontrar antes, eu dou uma procurada