@arlon @linux já tentou o devilspie2? Em resumo, é um scriptzinho pra manipulação de janelas a partir de regras definidas num arquivo de configuração...
https://github.com/dsalt/devilspie2
De solução imediata sobre os pop-ups, imaginei algo com o comando "xkill"...
Essas coisas são comuns nas wms, aqui uso o i3wm e, não é algo que me atrapalha, mas incomoda, é o fato dele abrir todas as janelas que configurei nos devidos ambientes (no arquivo de configuração), exceto o firefox, rs... está lá, bonitinha, certinha a regra, mas... um dia resolvo, rs!
Também foi uma luta pra fazer o Tilda transparente sobre as outras janelas (e nem lembro mais como consegui isso, rs!)...
Enfim, depois, quando puder, me diz se ajudou, caso não, queria tentar replicar sua configuração numa VM aqui para investigar esse problema...